Galatasaray'ın anlaşma aşamasına geldiği Alper için devreye giren Fenerbahçe, Eskişehirspor ile 11 milyon Euro bonserviste el sıkıştı. Eskişehirspor Başkanı Halil Ünal'ın, daha önce söz verdiği Galatasaray Başkanı Ünal Aysal'a durumu anlattığı, Aysal'dan "8 milyon Euro'nun üzerine çıkmayacağız" mesajını alması üzerine Fenerbahçe ile 'evet' dediği kaydedildi. Fenerbahçe'nin lig bitiminde Alper ile masaya oturarak sözleşme imzalayacağı bildirildi. Alper Potuk, daha önce gerçekleşmeyen transfer sürecinde, Türkiye'de en beğendiği futbolcunun Emre Belözoğlu olduğunu söylemişti. Alper aynı açıklamada Eskişehir'in plaka numarası olan 26'yı giymek istediğini dile getirmişti.
Alper'e şok tepki
F.Bahçeli taraftarlar Alper'e tepki gösterdi. Taraftarlar yıldız oyuncuya küfürlü tezahürat yaparken, maç öncesi ısınmada Alper de topu sürekli tribünlere doğru vurdu. Milli yıldız oyundan çıkarken ise yuhalandı.