Doğu Roma İmparatorluğu tarafından 12. yüzyılda inşa edildiği tahmin edilen, "Enez Ayasofyası" olarak da bilinen yapı, Fatih Sultan Mehmet'in 1456'da Taşoz, Limni, Semadirek adalarının yanı sıra Cenevizliler'e ait Enez'i fethetmesi sonrası camiye dönüştürüldü.
Osmanlı döneminde birkaç kez onarımdan geçirilen caminin bir kısmı, 1965'teki depremde yıkıldı. Onarımı yapılmayan cami ibadete kapatıldı.
56 yıl sonra onarıldı
Vakıflar Genel Müdürlüğü camiyi 2015 yılında restorasyon programına aldı.
Edirne Vakıflar Bölge Müdürlüğü'nün yürüttüğü restorasyon kapsamında veri teşkil etmesi için sonik, sismik testleri, lazer tarama, malzeme analizleri ve dönemlemeleri yapılarak, detaylı araştırmalar yürütüldü.
Caminin rekonstrüksiyona dayalı restorasyon projesinin Edirne Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylanması sonrası restorasyon çalışmalarına 2016 yılında başlandı.
Yeniden ayağa kaldırılan cami, bugün kılınan cuma namazıyla birlikte ibadete açıldı.